สำนักงานอธิการบดี เป็นหน่วยงานกลางของมหาวิทยาลัย ทำหน้าที่บริหารงานทั่วไปและงานบริการที่สนับสนุนทุกภารกิจให้แก่ คณะ วิทยาลัย สถาบัน สำนัก โรงเรียนสาธิต สำนักงาน กอง ศูนย์ และการดำเนินโครงการ หรือกิจกรรมต่าง ๆ ที่เป็นภารกิจของมหาวิทยาลัย ให้เกิดประโยชน์ ถูกต้อง และมีประสิทธิภาพ โดยมีผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบดีเป็นผู้บังคับบัญชาและผู้บริหารสูงสุด มีการแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยราชภัฏเชียงใหม่ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ ๒๓ มิถุนายน ๒๕๔๙ เพื่อขับเคลื่อนภารกิจต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัย ประกอบด้วย
๑. กองกลาง
๒. กองคลัง
๓. กองนโยบายและแผน
๔. กองพัฒนานักศึกษา
นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยเห็นว่าสำนักงานอธิการบดีมีความสำคัญที่จะสนับสนุนภารกิจของมหาวิทยาลัยและการจัดการศึกษาที่มีภารกิจกว้างขวางและครอบคลุม มีความหลากหลายมากขึ้น โดยคำนึงถึงประโยชน์ของมหาวิทยาลัย จึงได้จัดตั้งหน่วยงานภายในสังกัดสำนักงานอธิการบดีเพิ่มเติมอีก ๓ หน่วยงาน ประกอบด้วย กองบริหารงานบุคคล กองอาคารสถานที่ และกองการพัสดุ